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蛍光や光化学の研究者アレクサンドル・エドモン・ベクレルの息子で、研究者の道に進んだ。理工科学校で自然科学を、国立土木学校で工学を学んだ。
1896年、ウラン塩の蛍光を研究中に、ウランが放出した放射線（アルファ線）が写真乾板を露光させることを発見した。ベクレルは偶然放射線を発見したとはいえ、あくまでも蛍光の研究に結びついた発見であった。最初のきっかけは1895年11月にドイツのレントゲンが発見したX線である。ベクレルの同僚であったポアンカレは1ヶ月後に入手したレントゲンの論文をベクレルに手渡す。このときポアンカレは「X線が蛍光を生じるなら、蛍光から何らかの放射線が発生するかもしれない」とベクレルに話している。
実験を始めると、太陽光に当てたウランの硫酸カリウム塩が燐光を生じることをすぐに確認できた。さらに、太陽光にさらしたウラン塩を黒い紙で包んでも写真乾板が感光することを、1896年2月に発見している。最後の幸運は曇天が続き実験ができなかったことだった。実験再開に備え、ベクレルはウラン塩と乾板を一緒にしまっておいた。ところが実験を再開する前に確認すると、乾板が既に感光していることに気づいたのだった。ウランが発しているのが何らかの放射線であることは、空気の電離によって確認した。ウランの濃度に対する放射線の強度の分析や、ウラン以外の放射性元素の発見はピエール・キュリーとマリ・キュリーによる。
ベクレルがウラン塩によって偶然感光させてしまった写真乾板1903年、ノーベル物理学賞をピエール・キュリー、マリ・キュリーと共に受賞した。
1908年、ブルターニュ半島のLe Croisicで55歳の若さで急死。マリ・キュリー同様、放射線障害が原因だと考えられる。
放射能のSI単位のベクレル（Bq）はアンリ・ベクレルに因んでいる。